San Lorenzo se sumó a las filas de la Federación Argentina en 1940, en lo que se denominó “Handball de campo”, siendo local en el Gasómetro. Se proclamó campeón de Segunda en 1945 y así llegó por primera vez al círculo privilegiado en 1946. Un año después, el club construyó uno de sus triunfos más gloriosos en el deporte: el Torneo de Otoño. Poco después, se unió a las competencias iniciales del Handball de Salón. Luego de algunos traspiés y un tiempo en Segunda, regresó al circuito superior en 1974 y, un año más tarde, la entidad compartió la fundación de la Federación Metropolitana de Handball junto a otras 17, siendo la reunión clave en Avenida La Plata.

En 1984, el equipo de Boedo subió a Primera por última vez. Luego la disciplina tuvo una práctica aislada, hasta que en 2005 se anotó en la ASBAL, para volver a afiliarse a la FEMEBAL en 2008. Ya en el 2011, San Lorenzo obtuvo la Copa de Clubes de Juveniles en Mar del Plata, los torneos Apertura y Clausura de la misma categoría, el Clausura de Juniors y, además, la Primera logró el ascenso a Tercera División. En 2012, conquistó el Apertura y el subcampeonato en el Clausura de Juveniles. Ese mismo año, fue segundo en la Copa Carnavales Correntinos, celebrada en verano. En 2013, la Primera consiguió el ascenso a Segunda División, pero un año más tarde volvió a disputar en la Tercera que mantiene hoy en día.