El fútbol femenino de San Lorenzo se inscribió en la Asociación del Fútbol Argentino en 2002 y desde entonces se convirtió en un constante animador de cada torneo nacional e internacional que interviene. El club azulgrana cortó la hegemonía de títulos de Boca y River al consagrarse en el Torneo Apertura 2008, título que defendió con éxito a comienzos de 2009. En 2015, superó 2-1 a UAI Urquiza en el desempate final y se quedó con el campeonato regulado por la AFA. Antes, había sido subcampeón en seis certámenes sucesivos entre 2004 y 2007, y en 2009 resultó el primer equipo nacional en disputar la Copa Libertadores de América, en Brasil. El Ciclón también consiguió 11 títulos a nivel amistoso y le aportó 15 jugadoras a las Selecciones Argentinas Sub 17, Sub 19, Sub 20 y Mayor, para disputar Sudamericanos, Mundiales, Juegos Panamericanos, Juegos Olímpicos y amistosos internacionales.