San Lorenzo se inició en este deporte en 1997 e intervino oficialmente a partir de 1998, cuando se afilió a la Asociación del Fútbol Argentino, integrando la Segunda División. Ese mismo año, el equipo de Boedo logró el ascenso después de obtener los torneos Apertura y Clausura.

En la máxima categoría, el club se coronó campeón del torneo Apertura 1999 y los Clausura 1999, 2000, 2001, 2004 y 2006. Además, consiguió la Copa Benito Pujol en tres ocasiones: 1999, 2000 y 2004, e intervino en las Copas Libertadores de América 2000, 2001, 2005 y 2007.

La disciplina creció considerablemente en los últimos años y apuesta a la conformación de categorías formativas competitivas dentro del campeonato regulado por la Asociación del Fútbol Argentino. Las divisiones de San Lorenzo van desde la Primera hasta la Octava y tres promocionales. En total son más de 150 chicos los que practican el deporte en la institución.

A lo largo de la historia fueron muchos los jugadores azulgranas que vistieron los colores de la Selección Argentina, entre ellos Abdala, Apollonio, Cabral, Deslarmes, Dótolo, Gramuglia, Guariniello, Mónaco, Navarro, Paiva, Sandivar, Serra, Stazzone, Vargas, Vidal, Villalva, Bolo, Rodríguez, Baisel...

En 2016, el Ciclón se clasificó a los playoffs, donde no logró quedar entre los cuatro mejores del certamen. En 2017 se produjo el debut en el Polideportivo de Boedo, y se sumó el apoyo masivo de la gente, el segundo puesto en la Fase Regular y haber quedado entre los cuatro mejores de los Playoffs. Además, se consolidaron las Divisiones Inferiores, se obtuvieron seis títulos y el primer puesto en la tabla general de AFA. Así, San Lorenzo cerró un año histórico para la disciplina.

En el 2018, San Lorenzo escribió una de las páginas más gloriosas de su rica historia: se coronó campeón de la Copa Argentina, levantó el título del Torneo de AFA y se clasificó a la Copa Libertadores del próximo año tras vencer a Villa La Ñata en una Superfinal. Siguió la consolidación de las Divisiones Inferiores y aumentó el sentido de pertenencia con el Polideportivo de Boedo, que ya se convirtió en un icono de pasión y parquet.