San Lorenzo se inició en este deporte en 1997 e intervino oficialmente a partir de 1998, cuando se afilió a la Asociación del Fútbol Argentino, integrando la Segunda División. Ese mismo año, el equipo de Boedo logró el ascenso después de obtener los torneos Apertura y Clausura.

En la máxima categoría, el club se coronó campeón del torneo Apertura 1999 y los Clausura 1999, 2000, 2001, 2004 y 2006. Además, consiguió la Copa Benito Pujol en tres ocasiones: 1999, 2000 y 2004, e intervino en las Copas Libertadores de América 2000, 2001, 2005 y 2007.

La disciplina creció considerablemente en los últimos años y apuesta a la conformación de categorías formativas competitivas dentro del campeonato regulado por la Asociación del Fútbol Argentino. Las divisiones de San Lorenzo van desde la Primera hasta la Octava y tres promocionales. En total son más de 150 chicos los que practican el deporte en la Institución.

A lo largo de la historia fueron muchos los jugadores azulgranas que vistieron los colores de la Selección Argentina, entre ellos Abdala, Apollonio, Cabral, Deslarmes, Dótolo, Gramuglia, Guariniello, Mónaco, Navarro, Paiva, Sandivar, Serra, Stazzone, Vargas, Vidal, Villalva...

En 2016, el Ciclón se clasificó a los playoffs, donde no logró quedar entre los cuatro mejores del certamen. Ya el 2017, con el debut en el Polideportivo de Boedo, el apoyo masivo de la gente, el segundo puesto en la Fase Regular y haber quedado entre los cuatro mejores de los Playoffs, más la consolidación de las Divisiones Inferiores, la obtención de seis títulos y el primer puesto en la tabla general de AFA, San Lorenzo cerró un año histórico para la disciplina.